************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.1.1 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE ./PHASE input.inp out.out 10000 100 1000 END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST gypbphaseout.out_freqs : haplotype frequency estimates gypbphaseout.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual gypbphaseout.out_recom : estimates of recombination parameters gypbphaseout.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 141 Number of Loci: 28 Positions of loci: 153 17993 17994 18055 18081 18082 18089 18093 18094 18118 18124 18199 18212 18269 19595 19611 19664 19747 19858 19900 20016 20017 21671 21784 21806 23004 23053 23112 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file gypbphaseout.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CTGTTAAAGTAGCGTTTGTCTATGGGCA 136.000000 2 CTGTTAAAGTAGCGTTTGTCTATGGGAA 4.000000 3 CTGTTAAAGTAGCGTTTGTCTATGGACA 1.000000 4 CTGTTAAAGTAGCGTTTGTCTATGAGCA 2.000000 5 CTGTTAAAGTAGCGTTTGTCTATCGGCA 4.000000 6 CTGTTAAAGTAGCGTTTGTCTGTGGGCA 1.000000 7 CTGTTAAAGTAGCGTTTTTCTATGGGCA 1.000000 8 CTGTTAAAGTAGCGTTAGTCTATGGGCA 1.000000 9 CTGTTAAAGTAGCGTTAGTCTATCGGCA 25.000000 10 CTGTTAAAGTAGCGTGTGATAATGGGCA 1.000000 11 CTGTTAAAGTAGCGGTTGATAATGGGCA 2.000000 12 CTGTTAAAGTAGCGGGTGATAATGGGCA 73.000000 13 CTGTTAAAGTAGCGGGAGATAATGGGCA 10.000000 14 CTGTTAAAGTACCGTTTGTCTATGGGCG 1.000000 15 CCACGGTGTCGGTAGGTGATAATGAGCA 2.000000 16 TTGTTAAAGTAGCGTTTGTCTATGGGCA 18.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY INDV_203: (1,1) INDV_204: (1,10) INDV_205: (12,12) INDV_206: (1,1) INDV_212: (1,12) INDV_215: (1,12) INDV_217: (1,13) INDV_219: (12,16) INDV_220: (1,12) INDV_222: (1,1) INDV_223: (4,15) INDV_225: (1,16) INDV_226: (1,1) INDV_227: (14,16) INDV_229: (9,9) INDV_231: (12,12) INDV_232: (1,16) INDV_233: (1,1) INDV_235: (1,12) INDV_238: (1,16) INDV_240: (1,12) INDV_241: (1,1) INDV_243: (1,9) INDV_248: (1,1) INDV_250: (1,13) INDV_251: (2,12) INDV_252: (1,1) INDV_253: (1,12) INDV_254: (1,12) INDV_256: (1,13) INDV_257: (1,9) INDV_258: (12,16) INDV_259: (12,12) INDV_260: (1,9) INDV_261: (1,12) INDV_263: (1,3) INDV_264: (1,9) INDV_265: (1,12) INDV_267: (1,12) INDV_268: (1,13) INDV_269: (1,13) INDV_270: (12,12) INDV_274: (1,12) INDV_275: (1,1) INDV_276: (1,12) INDV_277: (1,1) INDV_278: (1,9) INDV_279: (1,12) INDV_280: (1,16) INDV_281: (12,16) INDV_282: (1,9) INDV_283: (1,9) INDV_284: (1,1) INDV_285: (1,9) INDV_286: (2,12) INDV_287: (12,16) INDV_288: (12,16) INDV_289: (1,1) INDV_292: (1,12) INDV_293: (1,13) INDV_294: (1,12) INDV_295: (1,12) INDV_296: (1,12) INDV_297: (1,1) INDV_298: (1,9) INDV_300: (1,1) INDV_301: (9,16) INDV_302: (9,9) INDV_303: (1,1) INDV_304: (1,13) INDV_305: (1,12) INDV_306: (1,2) INDV_307: (1,9) INDV_308: (1,1) INDV_309: (1,1) INDV_311: (12,12) INDV_312: (1,1) INDV_313: (1,9) INDV_314: (1,1) INDV_315: (1,16) INDV_316: (12,12) INDV_317: (1,9) INDV_321: (12,12) INDV_322: (12,16) INDV_323: (1,9) INDV_324: (1,12) INDV_325: (6,12) INDV_326: (1,12) INDV_327: (1,9) INDV_328: (1,12) INDV_329: (1,7) INDV_330: (1,1) INDV_331: (1,1) INDV_332: (1,12) INDV_333: (1,12) INDV_334: (1,1) INDV_335: (12,12) INDV_336: (1,1) INDV_337: (8,11) INDV_340: (1,1) INDV_009: (1,16) INDV_011: (1,12) INDV_020: (1,12) INDV_021: (1,12) INDV_022: (1,9) INDV_023: (1,13) INDV_024: (2,12) INDV_026: (1,1) INDV_027: (12,12) INDV_028: (12,16) INDV_032: (1,13) INDV_035: (12,12) INDV_038: (1,12) INDV_040: (1,1) INDV_041: (1,1) INDV_043: (1,5) INDV_044: (1,12) INDV_047: (1,9) INDV_049: (12,16) INDV_052: (1,12) INDV_053: (1,9) INDV_055: (1,12) INDV_056: (1,12) INDV_058: (1,13) INDV_060: (1,12) INDV_061: (1,12) INDV_062: (9,12) INDV_063: (1,9) INDV_064: (12,16) INDV_066: (12,16) INDV_067: (1,12) INDV_071: (1,5) INDV_073: (5,9) INDV_077: (1,1) INDV_081: (1,5) INDV_084: (1,12) INDV_086: (1,11) INDV_089: (1,12) INDV_093: (1,12) INDV_097: (4,15) INDV_099: (1,12) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 C203 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C204 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T G T G A T A A T G G G C A 0 C205 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C206 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C212 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C215 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C217 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 C219 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C220 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C222 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C223 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G A G C A C C A C G G T G T C G G T A G G T G A T A A T G A G C A 0 C225 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A T T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C226 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C227 (C) T G T T A A A G T A (C) C G T T T G T C T A T G G G C (G) (T) T G T T A A A G T A (G) C G T T T G T C T A T G G G C (A) 0 C229 C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T [C] G G C A 0 C231 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C232 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A T T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C233 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C235 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C238 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A T T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C240 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C241 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C243 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C248 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C250 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 C251 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G (A) A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G (C) A 0 C252 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C253 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C254 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C256 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 C257 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C258 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C259 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C260 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C261 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C263 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G A C A 0 C264 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C265 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C267 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C268 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 C269 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 C270 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C274 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C275 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C276 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C277 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C278 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C279 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C280 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A T T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C281 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C282 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C283 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C284 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C285 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C286 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G (A) A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G (C) A 0 C287 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C288 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C289 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C292 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C293 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 C294 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C295 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C296 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C297 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C298 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C300 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C301 C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T [C] G G C A T T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C302 C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C303 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C304 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 C305 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C306 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G A A 0 C307 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C308 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C309 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C311 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C312 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C313 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C314 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C315 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A T T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C316 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C317 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C321 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C322 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C323 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C324 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C325 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T (G) T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A (A) T G G G C A 0 C326 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C327 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 C328 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C329 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T T T C T A T G G G C A 0 C330 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C331 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C332 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C333 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C334 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C335 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 C336 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 C337 C T G T T A A A G T A G C G T T (A) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G T (T) G A T A A T G G G C A 0 C340 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M009 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A T T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M011 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M020 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M021 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M022 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 M023 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 M024 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G (A) A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G (C) A 0 M026 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M027 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M028 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M032 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 M035 C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M038 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M040 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M041 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M043 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T C G G C A 0 M044 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M047 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 M049 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M052 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M053 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 M055 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M056 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M058 C T G T T A A A G T A G C G T T (T) G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (A) G A T A A T G G G C A 0 M060 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M061 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M062 C T G T T A A A G T A G C G T T (A) G T C T A T [C] G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G (T) G A T A A T G G G C A 0 M063 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 M064 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M066 (C) T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A (T) T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M067 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M071 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T C G G C A 0 M073 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T C G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T A G T C T A T C G G C A 0 M077 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A 0 M081 [C] T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T C G G C A 0 M084 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M086 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G T T G A T A A T G G G C A 0 M089 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M093 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A 0 M097 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G A G C A C C A C G G T G T C G G T A G G T G A T A A T G A G C A 0 M099 C T G T T A A A G T A G C G T T T G T C T A T G G G C A C T G T T A A A G T A G C G G G T G A T A A T G G G C A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 C203 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 C204 = = = = = = = = = = = = = = = T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = A T A = = = = = = = 0 C205 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C206 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C212 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C215 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C217 = = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 C219 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 C220 ? = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C222 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C223 ? T G T T A A A G T A = C G T T = = T C T = = = = = = = ? C A C G G T G T C G = T A G G = = A T A = = = = = = = 0 C225 C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C226 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C227 (C) = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = (G) (T) = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = (A) 0 C229 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 0 C231 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C232 C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C233 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C235 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C238 C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C240 ? = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C241 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0 C243 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C248 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C250 = = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 C251 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = (C) = 0 C252 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C253 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C254 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C256 = = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 C257 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C258 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 C259 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C260 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C261 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C263 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = 0 C264 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C265 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C267 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C268 = = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 C269 = = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 C270 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C274 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C275 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C276 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C277 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C278 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C279 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C280 C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C281 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 C282 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C283 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C284 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C285 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C286 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = (C) = 0 C287 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 C288 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 C289 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C292 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C293 = = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 C294 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C295 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C296 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C297 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C298 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C300 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C301 C = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = ? ? ? = = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? ? ? = = = 0 C302 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C303 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C304 = = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 C305 ? = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C306 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = 0 C307 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C308 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C309 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C311 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C312 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? 0 C313 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = ? ? ? 0 C314 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C315 C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C316 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C317 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C321 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C322 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 C323 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C324 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C325 ? = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T (G) = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A (A) = = = = = = 0 C326 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C327 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 C328 ? = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C329 = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = 0 C330 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C331 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 0 C332 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C333 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 C334 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C335 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C336 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 C337 = = = = = = = = = = = = = = T = (A) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = (T) = A T A = = = = = = = 0 C340 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 M009 C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 M011 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M020 ? = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = ? ? ? = = = 0 M021 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M022 ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 M023 ? = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 M024 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = (C) = 0 M026 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 M027 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 M028 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 M032 = = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 M035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 M038 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M040 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 M041 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 M043 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 M044 ? = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M047 ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 M049 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 M052 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M053 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 M055 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M056 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M058 = = = = = = = = = = = = = = T T (T) = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (A) = A T A = = = = = = = 0 M060 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M061 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M062 = = = = = = = = = = = = = = T T (A) = T C T = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = G G (T) = A T A = ? ? ? = = = 0 M063 = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = 0 M064 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 M066 (C) = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = 0 M067 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = ? ? ? 0 M071 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 M073 ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = 0 M077 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 M081 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 M084 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M086 = = = = = = = = = = = = = = T = = = T C T = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = G = = = A T A = = = = ? ? ? 0 M089 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M093 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = = = = 0 M097 ? T G T T A A A G T A = C G T T = = T C T = = = = = = = ? C A C G G T G T C G = T A G G = = A T A = = = = = = = 0 M099 = = = = = = = = = = = = = = T T = = T C T = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = G G = = A T A = = = = ? ? ? END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.67 = = = = = = = = = = 0.83 = = = = = = = = = = = = = = = 0.83 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 0.84 = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 0.50 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 0.69 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.55 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 0.84 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.54 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 0.75 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? END PHASEPROBS